有物理方法，化学方法及生物方法，但生物方法利用生物因子去除病原体，作用缓慢，而且灭菌不彻底，一般不用于传染疫源地消毒，故消毒主要应用物理及化学方法。    
（一）物理消毒法    
1．机械消毒   一般应用肥皂刷洗，流水冲净，可消除手上绝大部分甚至全部细菌，使用多层口罩可防止病原体自呼吸道排出或侵入。应用通风装置过滤器可使手术室、实验室及隔离病室的空气，保持无菌状态。    
2．热力消毒   包括火烧、煮沸、流动蒸气、高热蒸气、干热灭菌等。能使病原体蛋白凝固变性，失去正常代谢机能。    
（1）火烧    
凡经济价值小的污染物，金属器械和尸体等均可用此法。简便经济、效果稳定。    
（2）煮沸    
耐煮物品及一般金属器械均用本法，100℃，1～2分钟即完成消毒，但芽胞则须较长时间。金属器械消毒，加1～2%碳酸钠或0.5%软肥皂等碱性剂，可溶解脂肪，增强杀菌力。棉织物加1%肥皂水，有消毒去污之功效。物品煮沸消毒时，不可超过容积3/4，应浸于水面下。注意留空隙，以利对流。    
（3）流动蒸气消毒    
相对湿度80～100%，温度近100℃，利用水蒸气在物何等表面凝聚，放出热能，杀灭病原体。并当蒸气凝聚收缩产生负压时，促进外层热蒸气进入补充，穿至物品深处，加速热量，促进消毒。    
（4）高压蒸气灭菌    
通常压力为98.066kPa，温度121～126℃，15～20分钟即能彻底杀灭细菌芽胞，适用于耐热、潮物品。    
（5）干热灭菌    
干热空气传导差，热容量小，穿透力弱，物体受热较慢。需160～170℃，1～2小时才能灭菌。适用于不能带水份的玻璃容器，金属器械等。不同病原体的热耐受力，以热死亡时间表达。    
3．辐射消毒  有非电离辐射与电离辐射二种。前者有紫外线，红外线和微波，后者包括丙种射线的高能电子束（阴极射线）。红外线和微波主要依靠产热杀菌。电离辐射设备昂贵，对物品及人体有一定伤害，故使用较少。目前应用最多为紫外线，可引起细胞成份、特别是核酸、原浆蛋白和酸发生变化，导致微生物死亡。紫外线波长范围2100～3280A，杀灭微生物的波长为2000～3000A，以2500～2650A作用最强。对紫外线耐受力以真菌孢子最强，细菌芽胞次之，细菌繁殖体最弱，仅少数例外。紫外线穿透力差，3000A以下者不能透过2mm厚的普通玻璃。空气中尘埃及相对湿度可降低其杀菌效果。对水的穿透力随深度和浊度而降低。但因使用方便，对药品无损伤，故广泛用于空气及一般物品表面消毒。照射人体能发生皮肤红斑，紫外线眼炎和臭氧中毒等。故使用时人应避开或用相应的保护措施。日光曝晒亦依靠其中的紫外线，但由于大气层中的散射和吸收使用，仅39%可达地面，故仅适用于耐力低的微生物，且须较长时间曝晒。此外过滤除菌除实验室应用外，仅换气的建筑中，可采用空气过滤，故一般消毒工作难以应用。    
（二）化学消毒法  根据对病原体蛋白质作用，分为以下几类。    
1．凝固蛋白消毒剂包括酚类、酸类和醇类。    
（1）酚类    
主要有酚、来苏、六氯酚等。具有特殊气味，杀菌力有限。可使纺织品变色，橡胶类物品变脆，对皮肤有一定的刺激。酚（石炭酸）（carbolic acid）：无色结晶，有特殊臭味，受潮呈粉红色，但消毒力不减。为细胞原浆毒，对细菌繁殖型1：80～1：110溶液，20℃30分钟可杀死，但不能杀灭芽胞和抵抗力强的病毒。加肥皂可皂化脂肪，溶解蛋白质，促进其渗透，加强消毒效应，但毒性较大，对皮肤有刺激性，具有恶臭，不能用于皮肤消毒。来苏（煤酚皂液）（lysol）：红褐色，易溶于水，有去污作用，杀菌力较石炭酚强2～5倍。常用为2～5%水溶液，可用于喷洒、擦试、浸泡容器及洗手等。细菌繁殖型10～15分钟可杀灭，对芽胞效果较差。六氯酚（hexochlorophane）：为双酚化合物，微溶于水，易溶于醇、酯、醚，加碱或肥皂可促进溶解，毒性和刺激性较少，但杀菌力较强。主要用于皮肤消毒。以2.5～3%六氯酚肥皂洗手可减少皮肤细菌80～90%，有报告可产生神经损害，故宜长期使用。    
（2）酸类    
对细菌繁殖体及芽胞均有杀灭作用。但易损伤物品，故一般不用于居室消毒。5%盐酸可消毒洗涤食具，水果，加15%食盐于2.5%溶液可消毒皮毛及皮革。乳酸常用于空气消毒，100m3空间用10g乳酸薰蒸30分钟，即可杀死葡萄球菌及流感病毒。    
（3）醇类乙醇（酒精）    
75%浓度可迅速杀灭细菌繁殖型，对一般病毒作用较慢，对肝炎病毒作用不肯定，对真菌孢子有一定杀灭作用，对芽胞无作用。用于皮肤消毒和体温计浸泡消毒。因不能杀灭芽胞，故不能用于手术器械浸泡消毒。  
2．溶解蛋白消毒剂  主要为碱性药物，常用有氢氧化钠、石灰等。    
（1）氢氧化钠    
白色结晶，易溶于水，杀菌力强，2～4%溶液能杀灭病毒及细菌繁殖型，10%溶液能杀灭结核杆菌，30%溶液能于10分钟杀灭芽胞，因腐蚀性强，故极少使用，仅用于消灭炭疽菌芽胞。    
（2）石灰    
遇水可产生高温并溶解蛋白质，杀灭病原体。常用10～20%石灰乳消毒排泄物，用量须2倍于排泄物，搅拌后作用4～5小时。20%石灰乳用于消毒炭疽菌污染场所，每4～6小时喷洒一次，连续2～3次。刷墙2次可杀灭结核芽胞杆菌。因性质不稳定，故用时应现用现配。    
3．氧化蛋白类消毒剂  包括含氯消毒剂和过氧化物类消毒剂。因消毒力强，故目前在医疗防疫工作中应用最广。    
（1）漂白粉    
应用最广。主要成分为次氯酸钙[Ca(OCl)2]，含有效25～30%，性质不稳定，可为光、热、潮湿及CO2所分解。故应密闭保存于阴暗干燥处，时间不超过1年。酸性环境中杀菌力强而迅速，高浓度能杀死芽胞，粉剂中用于粪、痰、脓液等的消毒。10～20%乳剂除消毒排泄物和分泌物外，可用以喷洒厕所，污染的车辆等。如存放日久，应测实际有效氯含量，校正配制用量。漂白粉精的粉剂和片剂含有效氯可达60～70%，使用时可按比例减量。    
（2）氯胺—T    
为有机氯消毒剂，含有效氯24～26%，性较稳定，密闭保持1年，仅丧失有效氯0.1%。微溶于水（12%），刺激性和腐蚀性较小，作用较次氯酸缓慢。0.2%，1小时可杀灭细菌繁殖型，5%，2小时可杀灭结核杆菌，杀灭芽胞需10小时以上。各种铵盐可促进其杀菌作用。1～2.5%溶液对肝炎病毒亦有作用。活性液体须用前1～2小时配制，时间过久，杀菌作用降低。    
（3）二氯异氰尿酸钠    
又名优氯净，为应用较广的有机氯消毒剂，含氯60～64.5%。具有高效、广谱、稳定、溶解度高、毒性低等优点。水溶液可用于喷洒、浸泡、擦沫，亦可用干粉直接消毒污染物，处理粪便等排泄物，用法同漂白粉。直接喷洒地面，剂量为10～20g/m2。与多聚甲醛干粉混合点燃，气体可用薰蒸消毒，可与92号混凝剂（羟基氯化铝为基础加铁粉、硫酸、双氧水等合成）以1：4混合成为“遇水清”，作饮水消毒用。对肝炎病毒有杀灭作用。此外有氯化磷酸三钠、氯溴二氰尿酸等效用相同。    
（4）过氧乙酸    
亦名过氧醋酸，为无色透明液体，易挥发有刺激性酸味，是一种同效速效消毒剂，易溶于水和乙醇等有机溶剂，具有漂白的腐蚀作用，易挥发的刺激性酸味，是一种高效速效消毒剂，易溶于水和乙醇等有机溶剂，具有漂白和腐蚀作用，性不稳定，遇热、有机物，重金属离子、强大碱等易分解。0.01～0.5%，0.5～10分钟可杀灭细菌繁殖体，1%，5分钟可杀灭芽胞，常用浓度为0.5～2%，可通过浸泡、喷洒、擦抹等方法进行消毒，在密闭条件下进行气雾（5%浓度，2.5ml/m2）和熏蒸(0.75～1.0g/m3)消毒。    
（5）过氧化氯    
3～6%溶液，10分钟可以消毒。10～25%，60分钟可以灭菌，用于不耐热的塑料制品，餐具、服装等消毒。10%过化氢气深胶喷雾消毒室内污染表面；180～200ml/ m3，30分钟能杀灭细菌繁殖体；400ml/m3，60分钟可杀灭芽胞，经肺吸收可导致麻醉，但对皮肤无损害，可代替乙醇应用。  
（6）过锰本钾    
1～5%浓度浸泡15分钟，能杀死细菌繁殖体，常用于食具、瓜果消毒。    
4．阳离子表面活性剂  主要有季铵盐类，有杀菌浓度，毒性和刺激性小，无漂白及腐蚀作用，无臭、稳定、水溶性好等优点。但杀菌力不强，尤其对芽胞效果不佳，受有机物影响较大，配伍禁忌较多，为其缺点。国内生产有新洁尔灭，消毒宁（度米苍）和消毒净，常用浓度0.5～1.0‰，可用于皮肤，金属器械，餐具等消毒。不宜作排泄物及分泌物消毒用。    
5．烷基化消毒剂    
（1）福尔马林    
为34～40%甲醛溶液，有较强大杀菌作用。1～3%溶液可杀死细菌繁殖型，5%溶液90分钟或杀死芽胞，室内熏蒸消毒一般用20ml/ m3加等量水，持续10小时，消除芽胞污染，则需80ml/m3，24小时，适用于皮毛、人造纤维、丝织品等不耐热物品。因其穿透力差，刺激性大，故消毒物品应摊开，房屋须密闭。    
（2）戊二醛    
作用似甲醛。在酸性溶液中较稳定，但杀菌效果差，在碱性液中能保持2周，但强提高杀菌效果，故通常2%戊醛内加0.3%碳酸氢钠，杀菌效果增强，可保持稳定性18个月。无腐蚀性，有广谱、速效、高热、低毒等优点，可广泛用于杀细菌，芽胞和病毒消毒。不宜用作皮肤、粘膜消毒。    
（3）环氧乙烷    
低温时为无色液体，沸点10.8℃，故常温下为气体灭菌剂。一般应用是在15℃，温度升高10℃，杀菌力可增强1倍以上，相对湿度30%灭菌效果最佳。具有活性高，穿透力强，不损伤物品，不留残毒等优点，可用于纸张、书籍、布、皮毛、塑料，人造纤维、金属品消毒。因穿透力强，故需在密闭容器中进行消毒。须避开明火以防爆。消毒后通风防止吸入。    
6．其他    
（1）碘    
常有碘酒、碘伏（碘与表面活性剂为不定型结合物）。常用于皮肤粘膜消毒，医疗器械应急处理。    
（2）洗必泰    
为双胍类化合物。对细菌有较强的消毒作用。可用于手、皮肤、医疗器械、衣物等消毒。