一、通过分子碰撞原理，即通过消毒剂分子碰到病原微生物杀灭病原微生物。 
这类消毒剂的配比浓度越高，消毒剂分子就越多；温度越高，消毒剂分子运动越快；环境中有机物越少；消毒剂分子碰到病原微生物机会就越多，消毒效果越好。具体使用时，须注意配比浓度(酒精则以75%最好)、环境温度和环境中有机物浓度。 
    (一)通过分子碰撞原理，使病原体蛋白质变性、发生沉淀的消毒剂： 
    这类消毒剂的作用特点是杀菌、杀病毒无选择性，可损害一切生命物质，属于原浆毒，消毒过程中可破坏宿主组织，会引起畜禽应激，会污染环境，破坏设备。此类消毒剂仅可用于空室、环境消毒。如酚类、醛类、强酸强碱类等。 
    1.酚类消毒剂： 
    石炭酸、来苏儿、煤酚、苯酚、复合酚等具有臭药水味的一类消毒剂：这类消毒剂商品名最多，其中苯酚对芽胞、病毒无效，复合酚含41%～49%的酚和22%～26%的醋酸，是其中消毒效果最好的，此类消毒剂因其具有特别的药臭味，又具原浆毒，吸入皮肤有致癌性，常用于消毒池和排泄物的消毒。具体消毒时须先把环境冲洗的干干净净，浓度要达到0.5%～1%以上，温度不能低于8℃，消毒效果才好。禁止在碱性环境或同碱性溶液及其它消毒液混合使用。 
   2.醇类消毒剂： 
   用75%酒精，一般用于消毒注射部位。 
   3.醛类消毒剂： 
甲醛(福尔马林)、戊二醛，甲醛是最好的熏蒸消毒剂，熏蒸消毒必须有较高的室温(高于18℃)，相对湿度为70%左右才有效，低于15℃甲醛很容易聚合成聚甲醛而失去消毒功效，甲醛气体消毒穿透力较差，应把物体特别是垫料尽量散开，福尔马林长期贮存或水份蒸发后会变成白色多聚甲醛沉淀，从而失去消毒效果，需加热至100℃才可又变成甲醛，甲醛有致癌性。戊二醛常用其2%溶液，消毒效果好，不受有机物影响，若用0.3%碳酸氢钠作缓冲剂，效果更好。但戊二醛价格贵，稳定性差。 
二、通过分子碰撞原理接触病源体，干扰病原体的重要酶系统，影响菌体代谢的消毒剂。 
    主要有氧化剂和卤素类消毒剂。此类消毒剂是通过氧化还原反应损害细菌酶的活性基因或因化学结构与代谢物相似，竞争或非竞争性地同酶结合，抑制酶的活性，引起菌体死亡。高浓度时具一定毒性，可用于空室消毒。 
    1.氧化剂类消毒剂： 
    过氧乙酸、高锰酸钾，过氧乙酸又名过醋酸，有强烈的醋酸味，性质不稳定，易挥发。最好用市售20%浓度、在半年内生产的。现用现制现配，对霉菌和芽胞均有效，对组织有强烈的刺激性及腐蚀性，一般用量0.1%～0.5%。高锰酸钾常与甲醛溶液混合用作熏蒸消毒。过氧乙酸、高锰酸钾在酸性环境中作用力强，不要在碱性环境中使用。 
    2.卤素类消毒剂： 
    (1)氯化合物：漂白酚(次氯酸钠溶液、漂粉精)、氯胺、二氯异氰尿酸钠、三氯异氰尿酸钠等有氯臭(漂白粉味)的一类消毒剂：新出厂的氯化合物消毒力特别强，但性质不稳定，作用力不持久，见光易分解，必须现配现用。因氯遇水以后，可生成盐酸和次氯酸，所以氯化合物在酸性环境中消毒力较强，在碱性环境下作用力减弱，对金属有一定的腐蚀作用，对组织有一定的刺激性。应用最广泛，商品名称最多的氯化合物是二氯异氰尿酸钠，一般用其0.5%～1%溶液杀灭细菌和病毒，用5%～10%溶液杀灭芽胞。冬季用量是夏季的3倍～5倍，作用时间是夏季的5倍～8倍。 
    (2)碘与碘化合物：碘酊、碘甘油、复方络合碘、碘伏等。碘为灰黑色，极难溶于水，且具有挥发性。碘有较强的瞬间消毒作用，在酸性环境中杀菌力较强，在碱性环境及有机物存在时，其杀菌作用减弱。碘化合物的产品浓度比较低，一般只有1%～3%，也有只有0.1%左右的，在现场具体使用时要特别注意消毒液的配比浓度和清除有机物。 
三、通过正负电子碰撞原理，即消毒剂所带正电荷能主动吸引和吸附表面具有负电荷的物体，如细菌、病毒蛋白质、墙壁、玻璃、设备、和器具内外表面。 
    正负电子相吸引，使消毒剂分子与细菌、病毒蛋白质接触，产生杀灭作用。如目前广泛使用的季胺盐类阳离子表面活性剂。此类消毒剂能增加病原体细胞膜的通透性，降低病原体的表面张力，引起重要的酶和营养物质漏失，使病原微生物的呼吸及糖酵解过程受阻，菌体蛋白变性，水向菌体内渗入，使菌体破裂或溶解而使病原体死亡，呈现杀菌杀病毒作用。         
    阳离子表面活性剂抗菌抗病毒谱广，作用快，低浓度不但能杀灭革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌，还对病毒、霉菌、真菌有效。阳离子表面活性剂因其分子结构不同又可分为单链季胺盐类消毒剂和双链季胺盐类消毒剂，双链季胺盐的消毒效果一般是单链季胺盐的几倍。双链季胺盐化合物中又因分子结构中碳链的数量和长度不同，消毒效果各不相同。所带碳链多界面活性大而产生极强的吸引力，主动吸引细菌并致其质变死亡。双链季胺盐阳离子表面活性剂又因分子结构中所含卤族类元素不同，消毒效果也不相同，含氯离子的消毒效果较差，以含溴离子的消毒效果最好，最具阳离子表面活性剂的消毒功能。    
消毒原理： 
①含氯消毒剂 
A.形成的次氯酸作用于菌体蛋白质 
HOCl+R-NH-R′→R-NCl-R′+H2O  
B.次氯酸分解形成新生态氧，二氧化氯的强氧化能力，将菌体蛋白质氧化。 
HOCl→ HCl+[O] 
C.消毒剂中含的有效成分直接作用于菌体蛋白质 
Cl2+R—NH—R′→R—NCl—R′+HCl 
本类消毒剂的作用多与有效氯含量成正比,因此,使用剂量一般按药物的有效氯含量计算。目前我国常用的含氯消毒剂有:漂白粉、三合二、次氯酸钠、二氧化氯、二氯异氰尿酸钠、二氯二甲基海因、三氯 异氰尿酸与溴氯海因等。 
②过氧化物类 
过氧乙酸杀灭微生物首先是依靠其强大的氧化能力.通过氧化作用使酶失去活性,导致微生物死亡。此外,过氧乙酸亦具有酸的特性,可通过改变细胞内的而损伤微生物。因此,过氧乙酸杀菌作用远较一般的酸与过氧化物为强。 
③醛类 
醛类消毒剂对微生物作用主要依靠醛基,其作用于菌体蛋白(包括酶)的醛基、羟基、羧基、氨基,使烷基化,引起蛋白质变性、凝固,造成微生物死亡。 
④杂环类气体消毒剂环氧乙烷等,是通过对微生物蛋白质分子的烷基化作用,干扰酶的正常代谢而使微生物死亡。大多作为气体消毒剂使用。 
⑤醇类消毒剂 
常用的醇类消毒剂有乙醇异丙醇。醇类消毒剂杀灭微生物依靠三种作用:破坏蛋白质的肽键,使之变性;侵入菌体细胞,解脱蛋白质表面的水膜,使之失去活性,引起微生物新陈代谢障碍;溶菌作用。 
⑥酚类消毒剂 
常用的酚类消毒剂有甲酚皂溶液、滴露消毒药水。其杀菌作用的机理有:高浓度下可裂解并穿透细胞壁,与菌体蛋白结合,引起蛋白变性;低浓度下,或较高分子的酚类衍生物可使细胞的主要酶系统(氧化酶脱氢酶催化酶等)失去活性,干扰了物质代谢;减低溶液表面张力,酚类消毒剂积聚在菌体细胞上,增加细胞壁的渗透性,使菌体内含物溢出,改变了细胞蛋白的胶状,致细菌死亡;酚类易溶于细胞类脂体中,因而能积存在细胞中,其羧基与蛋白质的氨基起反应,破坏细胞的功能。表面活性大的酚类消毒剂减低溶液张力作用较大,杀菌能力亦较强。衍生物中的某些羟基与卤素,有助于降低表面张力,并且卤素还可促进衍生物电离以增加溶液的酸性,因此,卤素与羟基在对位上的化合物比邻位上的化合物杀菌能力强。 
⑦季铵盐类消毒剂 
    本类消毒剂杀菌原理主要有:改变细胞的渗透性,使菌体破裂;使蛋白质变性;抑制细菌体内某些酶(如脱氢酶氧化酶以及分解葡萄糖琥珀酸盐丙酮酸盐的酶),以致使之失去活性;因其有良好的表面活性,可高浓度聚集于菌体表面,影响细菌的新陈代谢。对酶的抑制,有的是可恢复的,由此可解释其抑菌作用。随着药物浓度增加或作用时间延长,这种可恢复性逐渐减弱,以致不可恢复。 
⑧双胍类化合物,其作用机理有:吸附于细菌表面,破坏细胞膜,造成胞浆组分渗漏;抑制脱氢酶的活性;高浓度时可凝聚胞浆组分。